Le traitement des eaux usées pharmaceutiques est particulièrement pertinent pour le nettoyage des installations et des conteneurs, les eaux de rinçage de synthèse et les eaux de lavage provenant du traitement de l'air évacué. Les fluides contenant des résidus hormonaux, antibiotiques ou cytostatiques peuvent également être traités. L'évaporation est utile lorsque le rejet direct n'est pas autorisé.